(Hlavní článek: O SCP Nadaci)

Tato nadace je pověřena vládami po celém světě, aby zajišťovala anomální jednotlivce, entity, lokace, objekty a jevy působící mimo hranice zákonů přírody. Pokud by tyto objekty nebyly zadrženy, mohly by představovat přímé ohrožení lidského života a vnímání reality a normality.

Existence SCP Nadace je veřejnosti utajena, aby se zabránilo hromadné panice a umožnilo normální fungování lidské civilizace. Když je objevena anomálie, Nadace SCP nasadí agenty, aby ji zajistili a přepravili do nadačního zařízení, nebo aby ji zadrželi v místě objevu, pokud není přesun možný. Jakmile je SCP zajištěno, je vědci Nadace zkoumáno. Pro testování potencionálně nebezpečných SCP se kvůli jejich postradatelnosti používají testovací subjekty naverbované nadací (označovány jako personál Třídy D).

Váš hlavní cíl v celé hře je utéct ze zařízení Nadace živý, zatímco se vyhýbáte jakémukoli nebezpečí na cestě. Největší problém jsou SCP, které utekly ze svých cel. Hra se točí kolem hráče, který se pohybuje po náhodně generovaných místnostech, které jsou rozděleny do tří zón: Light Containment Zone, Heavy Containment Zone a Entrance Zone. Na svojí cestě může hráč narazit na předměty, které mu musí nebo nemusí pomoct utéct. Mezi ně patří třeba Plynová maska, která chrání oči hráče proti dekontaminačnímu plynu, přístupové karty schopné otevřít zamčené dveře a mnoho dalších

SCP jsou entity s anomálními schopnostmi, které hráč potká několikrát na své cestě. Hlavní záporák je SCP-173, Betonová socha schopná se hýbat vysokou rychlostí když není pozorována, a zlomí krk komukoli kdo je poblíž. Hráč proto musí nepřetržitě mít oční kontakt s touto sochou aby zajistil svoje přežití. Avšak to by bylo moc jednoduché bez mechanismu, který donutí hráče mrknout za určitou dobu.

Hráč se také musí vyhýbat Nine-Tailed-Fox, elitní jednotce o 9 členech vyslanou Nadací aby zadržela jakékoli uprchlé anomálie. Tato jednotka má ale taky za úkol zastřelit každý personál třidy D (hráče).

V této hře hrajeme za D-9341, personál třídy D naverbován Nadací. Personál třídy D je používán na testování, nebo interakci s nebezpečnými SCP. Nadace jich má docela hodně takže nevadí, když někdo jen tak umře.